En eski yılan fosili ise Kretase Dönem'ine kadar uzanıyor.Keşfedilen en eski iki yılan, Utah'tan çıkarılan Coniophis ve Cezayir'den çıkarılan Lapparentophis cinslerine aittir. Bu fosiller günümüzden 112 ila 94 milyon yıl öncesine dayandığı bilinmektedir.

Evrim sürecinde sürüngenlerden ilk ayrılan iki yılan grubu boa ve pitonlardır. Halen bu canlıların bazılarında körelmiş bir şekilde bacak kalıntıları bulunur. Yılanların ortak ataları ve yakın akrabaları evrimsel süreçte bacakları giderek körelmiş ve sürünerek, sessiz ve sinsice hareket etme konusunda uzmanlaşmışlardır. Yılanlarda körelen bacakların yok olmamasının sebebi, körelmiş çıkıntıların çiftleşme sırasında halen bir miktar kullanılabiliyor olmasıdır.


 Yılanların sürüngenlerden evrimleştiğine dair bir diğer net veri ise, iplik yılanları olarak da bilinen Leptotyphlopidae ile kör yılanlar olarak bilinen Typhlopidae ailelerinde bulunan körelmiş leğen kemikleridir. Bu kemikler, eskiden bacakların bağlandığı temel kemiklerdir ve sürüngenlerde (memelilerde ve kuşlarda da olduğu gibi) bulunur. Lakin yılanlarda körelmiş ve birçoğunda tamamen yok olmuştur.